中微量元素肥包括中量元素肥和微量元素肥：

中量元素肥料，是指在作物干物质组分中，钙、镁、硫的含量一般在百分之一到万分之一，称为中量元素，含有这些元素的肥料称为中量元素肥料。包括钙肥（如石灰、氯化钙）、镁肥（如硫酸镁、无水钾镁矾）和硫肥（如硫黄、石膏）。它们只局限于在某些土壤和作物上施用。 

如红壤上施用石灰，以矫正土壤酸度，减轻或免除作物受到磷离子、二价铁离子、二价锰离子的毒害；红壤中镁的含量普遍较低，是镁肥的显效地区；硫肥主要用于碱土和风化程度高、淋溶作用强、有机质含量低的缺硫土壤和对缺硫敏感的作物。

微量元素包括硼、锌、钼、铁、锰、铜等营养元素。虽然植物对微量元素的需要量很少，但它们对植物的生长发育的作用与大量元素是同等重要的，当某种微量元素缺乏时，作物生长发育受到明显的影响，产量降低，品质下降。另一方面，微量元素过多会使作物中毒，轻则影响产量和品质，严重时甚至危及人畜健康。随着作物产量的不断提高和化肥的大量施用，对微量元素肥料的施用逐渐迫切。在微量元素肥料中，通常以铁、锰、锌、铜的硫酸盐、硼酸、钼酸及其一价盐应用较多。