中量元素肥料又称次要常量元素肥料，含有作物营养元素钙、镁和硫中一种或一种以上的化合物，并需标明含量的一类化肥。次要常量是与主要常量氮、磷、钾的生产和施用的规模相比较而言。中国习称中量元素肥料。这类肥料除提供作物养分之外，还可以调整土壤的物理性质，促进农业增产。中量元素肥料的生产在很长时间里，都不为人们所重视。原因是在一些常用的肥料品种中，特别是低浓度肥料品种中同时含有钙、镁或硫元素，大气中的二氧化硫通过雨水进入土壤，也是硫元素的来源之一。近30多年来，化肥品种结构中高浓度肥料逐步代替了低浓度肥料，使带入土壤中的钙、镁和硫元素减少，一些土壤出现了短缺中量营养元素，特别是短缺硫元素的现象，从而使中量元素肥料的生产和使用得到重视。含钙、镁肥料石灰石粉、白云石粉、熟石灰、贝壳粉和其他含钙、镁的工业废料，广泛用作土壤调理剂和提供钙、镁营养元素。其土壤调理作用是：①改善土壤中磷肥的有效性。在含铁、铝氧化物高的土壤中，由于磷酸盐与铁、铝化合物的反应，磷肥的有效性降低。施用钙、镁调理剂使土壤pH保持在6～7，可以阻缓上述反应进行。②有利于土壤中铵态氮转化为硝态氮的反应，多数硝化细菌需要钙素。③促进生物固氮的过程。④调整作物对微量元素的吸收量，土壤pH保持在6～7时，微量营养元素对作物保持一定的有效性。⑤改良土壤的物理性质，主要是改善土壤的粒度分布。常见的钙镁磷肥（见磷肥）也有上述作用。

含硫肥料主要用于调整土壤的碱性和盐性（土壤含过多的氯化钠和碳酸盐）。大量的硫酸钙(石膏)用于改良盐碱地或被海水淹没过的土壤，有良好的效果。印度成功地用硫铁矿改良碱性土壤或石灰质土壤。对于一些pH较高的缺镁土壤，不宜施用白云石粉，可施用硫酸镁或无水钾镁矾，也可以使用蛇纹石类硅酸镁粉。近年来，发展了一种新的技术，把熔融的元素硫涂包在尿素颗粒表面，一方面向土壤提供硫元素，另一方面使尿素成为缓效氮肥以提高氮素的利用率。

含硅肥料即可作土壤调理剂，改良土壤，还兼有防病、防虫和减毒的作用，以其无毒、无味、不变质、不流失、无公害等突出优点，将成为发展绿色生态农业的高效优质肥料。硅肥的施入可减少磷在土壤中的固定，活化土壤中固定态磷，并促进磷在植物体内的元转，从而提高利用率。